在万方查重系统中，排除引用重复的文章主要通过检测引用文献的方式来实现。系统会对文本中的引用进行识别和比对，将已知的引用文献排除在查重结果之外。同时，万方查重系统还会根据引用的格式、内容和来源等多方面进行综合判断，以确保查重结果的准确性和可靠性。此外，用户也可以在系统设置中指定排除引用重复的规则，进一步提高查重效果。

除了系统自身的排除引用重复功能外，用户在使用万方查重系统时也可以采取一些额外的方法来排除引用重复的文章。例如，可以通过手动编辑文本内容，将已知的引用部分删除或标记，以避免被重复计入查重结果。另外，用户还可以在上传文档时选择特定的查重模式，如忽略引用部分或仅对正文进行查重，从而达到排除引用重复的效果。综合利用系统功能和用户操作，可以有效提高查重结果的准确性和可信度。